Działanie księgowości internetowej opiera się na rozbudowanych aplikacjach internetowych, które za pomocą odpowiednich serwisów wykonują operacje fakturowania. Jest to jedno z najlepszych rozwiązań dla przedsiębiorstw małych, prowadzących swoja księgowość w postaci Księgi przychodów i rozchodów lub są płatnikami VAT.
Głównymi zaletami korzystania z księgowości internetowej są oszczędność, ponieważ przedsiębiorstwo nie musi zatrudniać księgowej, wygoda i bezpieczeństwo korzystania oraz wielofunkcyjność. Program do faktur to wygoda księgowania, zapewniona przez łatwość i intuicyjność obsługi programu. Dodatkową zaletą jest fakt, że program w swoich zasobach posiada wzory faktur, które przedsiębiorca wypełnia. Program sam zajmuje się numerowaniem dokumentów, księgowaniem, czy wyszukiwaniem adresu odpowiedniego urzędu. Dużym udogodnieniem jest archiwizacja danych w programie – dane do faktury, jakie wprowadza przedsiębiorca, są przechowywane w bazach danych programu, dzięki czemu w razie ponownej potrzeby ich użycia nie ma konieczności wprowadzania ich od początku. Dodatkowym atutem programów do fakturowania jest bezpieczeństwo przechowywanych w nich danych. Wszystkie dane i faktury są zabezpieczone przez hasło użytkownika, a obsługa serwisu nie ma podglądu danych zapisanych na poszczególnych kontach użytkowników.
Jedyną wadą programów do fakturowania jest samodzielność przedsiębiorcy. Decydując się na prowadzenie księgowości internetowej swojej firmy musi być on świadomy, że całkowicie ponosi odpowiedzialność za ewentualnie popełnione błędy.